Im Qualitätsbereich Krankenversorgung des GC-I³ sind Mitglieder aus 12 Kliniken der Medizinischen Fakultät organisiert, die sich mit der Prävention, Diagnostik und Therapie akuter wie chronischer Erkrankungen entzündlicher Genese beschäftigen. Hierzu zählen entzündlich bedingte Erkrankungen des Gefäßsystems (Herzinfarkt, Schlaganfall und Bluthochdruck), der Nieren (Nierenschwäche und -versagen), der Bauchspeicheldrüse (z.B. Diabetes mellitus) und des Darms (entzündliche Darmerkrankungen) ebenso wie Entzündungen und Fehlsteuerungen, die im Rahmen von Autoimmunerkrankungen, Allergien, Blut- und Krebskrankheiten sowie Infektionen auftreten. Neben einer interdisziplinären Krankenversorgung werden wissenschaftliche Ergebnisse in klinisch bedeutsame Fragestellungen und Studien übertragen. Ebenso leisten die an der klinischen Versorgung beteiligten Institute des GC-I³, wie zum Beispiel das Institut für Klinische Chemie und Pathobiochemie, entscheidende Beiträge zur optimalen Krankenversorgung in der Universitätsmedizin Magdeburg.

Zum Qualitätsbereich Krankenversorgung des GC-I³ zählen auch eine Reihe interdisziplinärer Zentren der Medizinischen Fakultät, welche die klinisch tätigen Kollegen dabei unterstützen, eine hervorragende klinische Versorgung zu gewährleisten und innovative Studien durchzuführen. Hierzu zählen, z.B. das Klinische Kompetenz-Zentrum Allergologie Sachsen-Anhalt. Allergien zählen zu den häufigsten immunologisch bedingten Erkrankungen. Das 2013 gegründete Zentrum will die Diagnose und Therapie komplexer allergischer Erkrankungen adäquat beforschen und verbessern. Zum Qualitätsbereich Krankenversorgung des GC-I³ zählt auch das Onkologische Zentrum, in dem 25 Institute und Kliniken des Universitätsklinikums fachübergreifend zusammen arbeiten. Ziel ist es, allen Patienten mit einer Tumorerkrankung eine exzellente klinische Versorgung zu gewährleisten. Weiterhin zählen das Mitteldeutsche Kompetenznetz Seltene Erkrankungen und das Koordinierungszentrum für Klinische Studien zu diesem Bereich.