Eine wichtige Aufgabe des GC-I³ ist die koordinierte Ausbildung und Förderung des wissenschaftlichen und ärztlichen Nachwuchses im Bereich Immunologie und Entzündungsmedizin. Der Qualitätsbereich Ausbildung des GC-I³ dient der Rekrutierung und Ausbildung von Nachwuchs-Medizinern und -Wissenschaftlern. Das Lehrangebot umfasst Vorlesungen, Seminare und Praktika für die Humanmedizin. Darüber hinaus findet ein Lehrexport in verschiedene andere Disziplinen statt (Biosystemtechnik, Computervisualistik, Medizintechnik, Integrative Neuroscience und Sportwissenschaften).

Um die Ausbildung im Bereich der molekularen Entzündungsforschung zu verbessern, bietet die Medizinische Fakultät den Masterstudiengang Immunologie an, der federführend von WissenschaftlerInnen und KlinikerInnen des GC-I³ getragen wird. Dieser deutschlandweit einmalige Studiengang richtet sich an Studierende, die an interdisziplinären Fragestellungen zwischen Grundlagenforschung und Translation interessiert sind. Sie erwerben weiterführende Kenntnisse in den molekularen, zellulären und klinischen Fachgebieten der Immunologie. 

Mit koordinierten Graduiertenprogrammen wie dem von der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG) geförderten Graduiertenkolleg des SFB 854 (MGK 854) garantiert der GC-I³ die Ausbildung des wissenschaftlichen Nachwuchses im Bereich der Naturwissenschaften und der Medizin. Das  MGK 854 bereitet die mehr als 20 DoktorandInnen des SFB optimal auf ihre weitere wissenschaftliche Laufbahn vor. Neben der Einbettung in die Forschungsprojekte des SFB ermöglicht das MGK 854 den Kollegiaten die Teilnahme an Seminarreihen, Klausurtagungen und Soft Skills Workshops.

Im Mai 2018 wurde das GC-I³-assoziierte GRK 2408 „Maladaptive Prozesse an physiologischen Grenzflächen bei chronischen Erkrankungen“ von der DFG bewilligt. Hier wurden zehn Stellen für naturwissenschaftliche Promovenden, sechs für Promotionen Medizinstudierender und zwei Rotationsstellen für Clinician Scientists geschaffen. Auch im Rahmen des SFB 854 haben die DFG sowie die Medizinische Fakultät vier dieser Stellen eingerichtet. Diese so genannten Gerok-Positionen ermöglichen es jungen ÄrztInnen, für 6 oder 12 Monate von klinischen Verpflichtungen befreit zu werden, um sich Forschungsaufgaben im Bereich der klinischen Entzündungsforschung zu widmen.

Auch das 2014 durch die Else Kröner-Fresenius-Stiftung eingerichtete Else Kröner-Forschungskolleg Magdeburg stärkt als fachübergreifendes Forschungs- und Ausbildungsprogramm für künftige "Clinician Scientists" die klinische Forschung. 2018 wurde diese erfolgreiche Intiative für weitere drei Jahre (bis 2021) verlängert. 11 Junge Ärztinnen und Ärzte erforschen hier fachübergreifend die bedeutende Rolle von Entzündungen für die molekulare Pathogenese von Krebserkrankungen.

In 2017 konnte zudem die ESF-geförderte Graduiertenschule „Analyse, Bildgebung und Modellierung neuronaler und entzündungsbedingter Prozesse“ (ABINEP) eingerichtet werden. In vier Modulen, die Themen beider Forschungsschwerpunkte der Fakultät verknüpfen, promovieren hier 21 junge Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler, die zu einem großen Teil aus dem Ausland nach Magdeburg gekommen sind. WissenschaftlerInnen des GC-I³ sind an 10 der 21 Projekte beteiligt.

Perspektivisch sollen die Ausbildungsaktivitäten des Gesundheitscampus zu einer GC-I³-Graduiertenschule zusammengefasst werden.